2025年伊始，中医药领域已是硕果累累，果然是国家扶持，发文不愁啊！
今天馆长给大家带来的是一篇药食同源主题相关的高分纯生信思路，一学就会那种哦~
首先，这篇文章在疾病的选择上很独特，利用小众疾病大大提高了文章的创新性（想想你的研究领域有没有一些罕见病呢？，也利用起来发一篇吧~不会分析的可以联系馆长）
其次，文章在分析方法上，WGCNA、机器学习、分子对接以及分子动力学模拟等方法的综合运用也提高了文章的创新性。
这篇文章分析难度较低，换个疾病立马复现一篇，不想做实验的朋友赶紧行动起来吧~不会分析？不会设计思路？找馆长！十年经验，定能让您满意而归~
研究背景和思路
范可尼贫血（FA）是一种罕见的遗传性血液疾病。从临床症状和发病机制来看，石榴与FA的治疗有一定的相关性。本研究旨在鉴定石榴中FA的潜在蛋白，并从石榴中发现潜在的药物。
该研究从GEO数据库中获得了FA骨髓组织的微阵列数据集。使用WGCNA和机器学习筛选FA的潜在生物标志物，并在另一个数据集中验证。然后，使用CIBERSORT分析FA患者的免疫微环境，并对特征基因进行亚细胞定位分析。最后，通过分子对接和动力学模拟对石榴补液中治疗FA的药物进行预测。
研究结果
1.模型与对照组筛选得到438个差异表达基因（DEGs）。功能富集分析显示这些DEGs主要参与髓细胞分化、氧化应激反应、炎症反应以及铁死亡等功能通路。
2.基于WGCNA分析筛选到9个特征模块，其中MEbrown模块（包含1567个模块基因）与模型组显著相关。模块基因和DEGs取交集获得331个候选枢纽基因。
3.通过LASSO和随机森林算法最终筛选了6个特征基因（HBG2、BPGM、MEST、CPA3、KIT和SOX4）。通过验证队列显示SOX4和CPA3下调，与数据集中GSE26440表达趋势一致。
4.对SOX4和CPA3进行单基因GSEA分析。
此外，免疫浸润分析显示与对照组相比，FA患者在B细胞记忆、静息NK细胞、单核细胞和嗜酸性粒细胞方面表现出显著变化。此外，静息NK细胞和嗜酸性粒细胞与CPA3和SOX4呈正相关，而naïve B细胞、记忆B细胞等与CPA3和SOX4呈负相关。
5.通过对CPA3和SOX4进行单细胞分析和亚细胞定位，结果显示CPA3主要在C6-T细胞和C7-红细胞中表达，SOX4在C5-巨噬细胞和C7-红细胞中高表达。CPA3主要定位在细胞外，SOX4主要在细胞核和线粒体。
6.分子对接和分子动力学模拟显示石榴中的香豆酸-4-O -葡萄糖苷和 山奈酚-3-O-新橙皮苷可作为FA的候选药物分子。
文章小结
总体来说，这篇文章的思路非常简单，小众疾病结合目前流行的机器学习、分子对接、分子动力学模拟等就能轻松发一篇7分+的纯生信，想复现的朋友可以直接联系馆长！个性化思路设计、生信分析、生信服务器，馆长这里应用尽有，欢迎来询~
馆长会持续为大家带来最新生信思路，也可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析等服务，对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询馆长哦！
