Python生物信息从入门到进阶研讨会
2023年2月3-5日 腾讯会议网络会议室
【课程背景】Python是一种结合解释性、编译性、互动性和面向对象的脚本语言。它设计简洁，具有很强的可读性。Python目前拥有众多专用的科学计算扩展库，以及生物信息学专用的Biopython，为分析处理生物信息学数据提供了强大功能。越来越多的科研人员开始学习Python语言用于机器深度学习，来处理实验数据、制作图表。
【课程特色】
1. 本课程覆盖python基础知识，通过atom程序编辑软件进行python程序写作。
2.Deep learning,决策树，支持向量机，神经网络
3. Github程序库介绍，Git使用下载、上传、协作软件编辑，
4. Python基本软件包Numpy、Pandas、Matplotlib、SKlearn及磁共振软件包nibabel介绍
5. 本课程手把手，实操性强，有全程屏幕录制视频课后发给学员，组群学员微信群便于学员与讲师互动交流
【讲师背景】
专家，博士生导师。研究方向生物物理、生物光子学、生物医学虚拟场景开发。05获中科院分子发育生物学硕士学位，08年获美国东北大学物理化学硕士学位，13年获美国密苏里大学哥伦比亚生物物理博士学位与统计硕士学位，13-18年在加州大学伯克利分校博士后。目前已在Cell,Nature Communications,EMBO reports，ACS Sensors等杂志发表文章十余篇。
【主要内容】详细内容见课表
Git软件使用、Python编程详解
【学习目标】
通过学习，让学员掌握：Git、Atom的基本使用、python数据结构；python的输入输出、方程、模块、循环、算法、寻找bug；python常见软件包numpy、pandas、matplotlib、SKlearn、nibabel等安装使用及软件包功能介绍；通过python进行小的数据、图像、数学、统计计算分析;python深度学习介绍，人工智能训练线性及卷积神经网络。
培训时间：2023年2月3-5日，1日晚上有预备课。
培训地点：腾讯会议
地点：腾讯会议网络会议室
主办方：上海循掘生物科技中心
收费标准：
3800元/人， 注册费包含教材、但不包括住宿费和晚餐。
优惠措施：提前报名并付费可以提前拿到学习资料
3人组团，每人优惠100元，4人组团，每人优惠200元
6人组团，可免一人注册费（即只交5个人的费用）
参加复听的学员，每人只需交600元费用（可以这次一起向单位多申请600元）
付款方式：
A：银行转账
账户名称：上海循掘生物科技中心 账户号：1001064709100016561
开 户 行：中国工商银行上海市永泰路支行
B：支付宝转账
收款人：yonghong1028@126.com 户 名:金永红
C：公务卡微信支付
报名方式：
范老师 15301721511（微信同号） 15301721511@163.com
填写报名表后发送至报名邮箱，若发送邮件后24h未收到任何回复，请及时联系
以下为详细日程：
Python学习班课程安排 |
日期 | 时间 | 主要内容 | 详细内容 |
备课 |
19:00-20:30 | 软件安装 | Git、Atom、Python安装 |
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第一天上午 | 9:00-10:30 | 计算机语言基本介绍 | 计算机语言介绍、不同语言比较、Python的优缺点、Github介绍 |
程序的组织与写作、Git介绍 |
基本数学计算、变量、字符、文字 |
交互式输入与输出、上载与下载文件 |
10:30-10:45 |
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10:45-12:00 | 计算机语言数据结构与逻辑教学 | 交互式输入与输出、上载与下载文件 |
循环与逻辑 |
数据结构：序列和字典 |
| 12:00-13:00 | 午休时间 |
第一天下午 | 13:00-15:30 | 编程基本讲解与Python软件包教学 | 面向对象编程 |
模块、类与对象 |
Python软件包，如何制作并使用 |
Debugging、自测试 |
15:30-15:45 |
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15:45-18:00 | 基本程序写作及网络数据挖掘写作 | Python统计计算，均值、方差、t统计、p值、pdf和cdf统计分布图 |
基本网络数据挖掘写作 |
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第二天上午 | 9:00-10:30 | Matplotlin软件包及实操（一） | Matplotlin软件包介绍 |
现状图、柱形图、散点图、 |
轮廓图、图像保存 |
一般图像的输入、输出 |
10:30-10:45 | 休息 |
10:45-12:00 | Matplotlin软件包及实操（二） | 矩阵基础、数字图像是什么？ |
基本图像数字处理、平移、缩放、旋转 |
Affine转化、图像切割、多图绘制 |
| 12:00-13:00 |
午休时间 |
第二天下午及晚上 | 13:00-15:30 | Numpy软件包介绍及实操（一） | Numpy软件包介绍、数组属性 |
创建数组、数值性质、切片索引 |
高级索引 |
15:30-15:45 | 休息 |
15:45-18:00 | Numpy软件包介绍及实操（二） | 广播、数组迭代 |
数组操作、位运算、字符串函数 |
数学函数、统计函数、基础统计介绍 |
矩阵库、线性代数运算 |
18:00-19:00 | 晚饭及休息时间 |
19:00-22:00 | mxnet软件包介绍及实操 | 线性神经网络、softmax回归 |
图像分类MNIST |
多层感知机 |
深度学习计算，卷积神经网络 |
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第三天上午 | 9:00-10:30 | Pandas软件包介绍及实操 | Pandas软件包介绍 |
选择数据、设置值处理、数据丢失、合并出图 |
全基因组sgRNA数据的分析、sgRNA序列提取、GC含量、sgRNA位置信息提取、sgRNA序列比对 |
10:30-10:45 | 休息 |
10:45-12:00 |
Biophython软件包介绍及实操 | 基因序列管理、比对 |
DNA序列转录、翻译 |
多序列比对、序列输入输出 |
Nibabel软件包及实操 | Nibabel软件包介绍 |
磁共振MRI数据读取 |
矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
磁共振MRI数据读取 |
| 12:00-13:00 | 午休时间 |
第三天下午 | 13:00-15:00 | Scikit learn软件包及实操 | 矩阵提取、结果可视化、运动矫正、线性回归 |
线性回归 |
分类、无监督 |
数据降维、数据预处理、PCA、K-means、支持向量机SVM、决策树 |
15:00-15:15 |
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15:15-17:00 | Tensorflow深度学习介绍 | 卷积、正向反向传播、优化器、损失函数、池化、BN |
LeNet, AlexNet, VGGnet, Inception, ResNet网络介绍与应用 |
图网络与超图网络介绍 |
备注：务必自带电脑，要求windows系统，有大于50G可用内存。学习班可提供安装包 |
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医药加金牌学习班特色：
医药加金牌学习班自2017年1月正式开办以来，已经成功举办了千余期，培训了全国（包涵港、澳、台地区）及加拿大、丹麦、澳大利亚等国家超过千家科研单位的近万名学员。良好的课堂氛围和讲师耐心的课后跟进，获得了学员的交口称赞。医药加金牌学习班，是让学员们真正能够学以致用，在科研上更上一层楼的学习班。
学习班教学宗旨：教得多，讲得精，学得会，用得上。
讲师团队：医药加金牌学习班所有讲师都来自于科研一线，博士以上学历，高级职称，具有丰富的实战经验和讲课经验，保障了学习班的内容的实用性、趣味性。
课程内容：课程内容为讲师亲自设计，以科研工作者切身需求为出发点，将课程方向与当前热点完美结合。全程纯干货、无套路。
课堂效果：小班制教学，讲师面对面授课，互动性强，答疑时间充足，有问题现场解决。上课PPT完全拷给学员。
课后保障：组建长期微信群，讲师与学员可长期互动。也方便学员之间联系，进行横向合作。了解最新课程安排。
实际效果：很多上过学习班学员，已经反馈成功发表文章，基金中标。
