○ BioRxiv：利用机器学习模型解析涵盖真核细胞中几乎所有关键过程的蛋白复合体核心结构
○ Nature Biotechnology：众学者严肃讨论合成病毒学的风险收益
○ Editas Medicine宣布针对视网膜退行性疾病的基因编辑疗法1/2期临床试验显示出部分积极结果
○ BioNTech启动直肠癌mRNA疫苗的临床二期实验
○ 口服抗病毒药物 Molnupiravir可将新冠住院或死亡率风险降低50%
孟凡康（帝国理工学院）汪钱畅（哈维穆德学院） / 作者
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#AlphaFold2 #RoseTTAFold #真核生物 #蛋白结构
BioRxiv：利用机器学习模型解析涵盖真核细胞中几乎所有关键过程的蛋白复合体核心结构
蛋白质-蛋白质相互作用在生物学中起着至关重要的作用，但尽管经过了数十年的努力，许多真核蛋白质复合物的结构仍然未知的，而且可能还有许多相互作用尚未确定。 近期，来自华盛顿大学的David Baker研究组等利用「氨基酸协同进化分析」和「基于深度学习的结构建模（RoseTTAFold + AlphaFold）」系统地识别和构建了涵盖真核细胞中几乎所有关键过程的蛋白复合体的准确结构模型，其中还包括 104 个以前未鉴定的蛋白质复合体和 608 个尚未进行结构表征的蛋白质复合体。与现有的结构数据的比较表明，这些预测的准确率具有较高的可信度。相关工作近期发表在BioRxiv上[1]。Nature Biotechnology：众学者严肃讨论合成病毒学的风险收益
尽管世界上只有少数实验室有能力设计纯合成病毒，但关于 SARS-CoV-2 起源的争论再次引发了对合成病毒学风险和益处的担忧。近期，Nature Biotechnology邀请众多学者严肃讨论了病毒合成的诸多关键问题[2]，再创将其中部分关键问题列举如下：○ 在过去的十年中，DNA 合成和病毒创造进展如何？
○ 在科研设施之外工作的人能够制造合成病毒的可能性有多大？对于知识有限的○ 人可以制作的病毒基因组大小是否有任何实际或理论上的限制？○ DNA病毒比RNA病毒更容易制造吗？对于自己动手的病毒构建者来说，哪些病毒可能是最容易实现的目标？○ 与从现场分离的病原体的基因组相比，储存合成病毒的基因组是否存在任何问题？○ 鉴于合成病毒学在了解病毒起源和指导未来疫苗开发方面的效用，应如何平衡收益与潜在风险？▲ 组装马痘病毒
其他值得关注的学术进展一览：
Nature Communications：来自于瑞士蛋白质设计与免疫工程实验室的Bruno Correia团队提出了一种将药物抑制的蛋白质-蛋白质相互作用用作 OFF 和 ON 开关的理性设计策略[3]。ACS Synthetic Biology：来自于澳大利亚昆士兰大学的Claudia Vickers团队利用鼠多瘤病毒扩展了用于酿酒酵母的细胞内区室化工具箱。该工具在酵母中首次实现了可参与代谢途径的人工生物催化室[4]。ACS Synthetic Biology：来自荷兰代尔夫特理工大学Christophe Danelon团队利用细菌微管实现了对人造脂质体的形态控制[5]。BioRxiv：来自哈佛大学医学院的Pamela Silver团队组装了一个由大约 300 个天然存在和设计的极端耐受相关蛋白组成的库，并评估了这些蛋白在保护人类细胞免受化学诱导细胞凋亡的能力。研究表明来自缓步动物、线虫和中国大鲵的部分蛋白质具有细胞凋亡保护作用[6]。ACS Synthetic Biology：来自加州大学的Chang Liu团队利用连续高频突变系统OrthoRep提升了酵母中小分子生物传感器的动态范围[7]。Editas Medicine宣布针对视网膜退行性疾病的基因编辑疗法1/2期临床试验显示出部分积极结果
近期，基因编辑医疗公司Editas Medicine宣布基因编辑疗法EDIT-101在1/2期临床试验显示出部分积极结果[8]。EDIT-101主要针对的是一种可导致失明的视网膜退行性疾病—Leber先天性黑蒙。该疗法在临床中未观察到严重的不良事件或剂量限制性毒性，其中中剂量实验组显示出初步的治疗效果。据再创了解，Editas Medicine同期还有多款基因编辑疗法正在处于开发或者早期临床实验中。▲ Editas Medicine的研发管线
BioNTech启动直肠癌mRNA疫苗的临床二期实验
BioNTech近期表示第一个结直肠癌患者已经接受了其个性化 mRNA 癌症疫苗 BNT122的治疗。该临床二期实验计划招募约 200 名患者，用于评估 BNT122 与手术和化疗后的观察等待相比的疗效。该试验已在美国、德国、西班牙和比利时启动[9]。 BioNTech 首席医疗官 Özlem Türeci 说：“许多癌症的进展方式是患者在手术后最初看起来没有肿瘤，但一段时间后最初看不见的肿瘤病灶会生长并形成转移。在这项临床试验中，对于结直肠癌患者，我们的目标是通过验血确定高危患者，研究个体化 mRNA 疫苗是否可以预防此类复发。”
其他值得关注的工业进展一览：
New Age Meats 在 A 轮融资中筹集了 2500 万美元。该公司旨在加速混合产品（培养肉与植物蛋白相结合）的开发[10]。
美国生物技术初创公司GreenLight Biosciences在纽约启动了新的 RNA 和酶制造工厂。这座占地 17000 平方英尺的设施将生产用于各种农业应用的酶和 RNA，替代化学农药[11]。美国细胞疗法公司Kytopen完成3000万美元A轮融资，用于推动临床上的概念验证和加速Flowfect Tx系统的商业化[12]。
口服抗病毒药物 Molnupiravir可将新冠住院或死亡率风险降低50%
2021年10月1日，默克与Ridgeback宣布口服抗病毒药物 Molnupiravir在治疗轻度至中度新冠肺炎患者的三期临床中期数据显著降低住院或死亡率。由于这些积极结果，研究人员提前停止招募。默克公司计划根据这些结果尽快向美国 FDA 提交紧急使用授权 (EUA) 申请[13]。
Molnupiravir (MK-4482/EIDD-2801) 是一种核糖核苷类似物的研究性口服给药形式，可抑制 SARS-CoV-2（COVID-19 的病原体）的复制。该药物由生物技术公司埃默里药物创新公司 (DRIVE)发明，目前由默克公司与 Ridgeback Biotherapeutics 合作开发。
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