不想加湿实验又想发高分?
速速跟着小编来看看最近发布的这篇诊断模型的二区Top 6+SCI!
作者通过整合单细胞测序和机器学习技术,深入解析了肺纤维化的细胞和分子机制,并开发了一个新的诊断模型,为肺纤维化的精准医疗提供了新的视角和工具。
期刊:Journal of Translational Medicine(IF=6.1)
发布时间:2025/01/02
别看这篇文章使用了单细胞+机器学习的分析,你就觉得硬件要求、代码能力门槛高,不敢上手做复现。
随着各类科研工具的增加,以前咱们觉得特别高大上的分析,纷纷都更好上手了。
接下来,小编就带大家尝试使用各种工具,去攻克复现过程中可能会遇到的疑难杂症→拆解文献、查数据、分析数据、绘制图表,轻松拿下~
0基础科研入门?小编建议你一定要从复现文章开始~
通过完整复现一篇文章(如预后模型、单细胞分析等),你能够快速掌握数据下载、清洗、可视化、统计建模等全流程技能。
当你复现3篇以上同类型文章后,可尝试组合不同文章的分析模块(如A文章的筛选方法+B文章的验证策略+C文章的机制探索),逐步过渡到原创研究。
“复现→迁移→创新”,三步成就狂发SCI梦~
这里推荐使用解螺旋NewIdea的“文献精读报告”功能应用。
点击上传文献(PDF格式,单文件15MB以内),点击提交,仅需几分钟,就能拆解好文献。
研究背景、研究发现、图片解读、临床意义、实验策略、主要结论,都整理好了~
生成内容如下,滑动即可查看全部↓
0基础查数据?
一键获取GEO/TCGA等数据库信息!
通过对本篇文章的详细拆解,我们可以发现:
作者从GEO数据库中收集了GSE110147、GSE213001、GSE136831和GSE150910等数据集,为肺纤维化的研究提供了基因表达数据。
要知道,GEO数据中的数据多是收录全球研究者的高通量基因组数据,包括微阵列芯片和二代测序数据,数据公开且免费。
在使用前,必须要对其进行数据清洗。从学习到实操,整个过程复杂且极易出错!
数据清洗一般包括样本筛选(剔除低质量或不符合条件的样本)、ID转换(将探针ID转为基因符号)、表达矩阵标准化(如limma的normalizeBetweenArrays函数),以及注释纠错(手动核对样本信息)。
为了帮大家节省下数据清洗的时间成本,仙桃学术云端数据库由原来的TCGA数据库的33种疾病扩张到GEO数据集,清洗数据量增加一倍,非肿瘤也可一键出图!
骨关节炎,骨质疏松,急性肺损伤,急性心肌梗死,肺纤维化,冠心病,类风湿性关节炎,帕金森,脑卒中,糖尿病,心肌纤维化,炎症性肠病,银屑病,抑郁症,子宫内膜异位症……
我们以“GEO”为检索词,在仙桃学术平台进行简单搜索,结果如下↓
数据集名称、样本数、物种、类型、平台号,都一一展示清楚了。
以上相关疾病领域的同学速来用仙桃学术一键获取预清洗后的数据,快速发表你的3+分SCI文章!
0基础做数据分析?
仅需点点点,轻松搞定差异分析、功能聚类分析……
在本篇文章中,作者整合了多种分析方法和策略,用以验证和提升研究的可信度。
有:差异表达基因(DEGs)分析、功能富集分析、构建肺纤维化诊断模型、诊断模型的验证、免疫细胞浸润分析、亚型识别和免疫浸润差异分析、关键基因的功能验证(Western blot和动物模型实验)……
但对于小白来说,光是理解数据分析方法就已经很难了,如何能快速上手进行数据分析呢?
推荐使用【仙桃学术】平台。
遵循了四字口诀——差异分析(挑)、功能富集(圈)、分子互作网络(联)和临床相关性分析(靠),仙桃学术会为大家提供这些分析方法的模块化操作。目前,仙桃学术已经具备了351个分析模块。
比如:
差异分析如limma包,
功能富集如GO/KEGG,
分子互作如STRING蛋白互作分析,
临床分析如诊断ROC生存曲线。
仅需根据提示点点点,就能实现数据分析~
0基础复现可视化图表?
仅需点点点,轻松生成热图、生存曲线、ROC曲线……
想要发表高分SCI,可视化图表必然是少不了的。
比如:火山图展示差异基因分布,热图显示基因表达模式,生存曲线展示预后效果,这些图表都有助于直观传达复杂的数据信息。
而在本篇文章中共出现了8张可视化图表↓清晰呈现出了研究的数据结果,以便于审稿人更好的阅读。
那么,如何能高质量的复现这些可视化图表呢?
那就赶快试试【仙桃学术】吧~热图、柱状图、气泡图、豆荚图、箱线图、网络图、棒棒糖图……速速来体验下~
零基础?基础薄弱?不敢上手做?
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这里有猕猴桃老师沉淀的普通人也学得会的【0基础搞定3分+SCI】套路!
有干货,有实操,老师讲从0到1手把手教你文章复现密钥!学会用这几个工具,零基础3个月也能轻松发3分+SCI~
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文献阅读王炸组合:成功配置后,它们能够让文献阅读变得方便高效,例如总结文献主要内容、润色语言、文章翻译等。
科研绘图王炸组合:配合使用,我们可以快速生成结构化流程图,并借助工具如draw.io等绘图工具将其渲染为高质量的可视化图表。
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写在最后:
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