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不愧是北大团队!4分的“网络毒理学”,联合上“机器学习”,直升1区12分+!还是2个月就接收的纯分析,太秀了

生信塔 • 7 月前 • 644 次点击  

生信塔之前已经分享过,“网络毒理学”可真是太香了!除了4-6分区间外,套用上“机器学习”,甚至能搞定1区12分+文章易接收,且分析套路化,聪明的小伙伴肯定不会错过这个发文热潮!

今天带来的范文是出自北京大学团队,1月25号发表在“Journal of Hazardous Materials”(12分的中科院1区TOP),探究大气颗粒物中邻苯二甲酸酯和有机磷的生殖暴露风险。

其主要创新点如下:

1,该研究创新性地利用定量构效关系(QSAR)模型结合机器学习算法,评估了大气颗粒物中邻苯二甲酸酯(PAEs)和有机磷酸酯(OPEs)的混合生殖暴露风险。

2,通过网络毒理学方法,识别了590个与PAEs和OPEs影响性激素相关的潜在靶点,并进一步确定了50个核心靶点。

3,利用分子对接进行验证,增加了实验结果的可靠性,更有说服力。

本研究展示了生物信息学在环境毒理学研究中的应用潜力,有助于发表高质量的研究成果。

Ps:网络毒理学进阶思路逐渐增多,发文红利期进入倒计时,不论你是想做简单思路快速发文,还是想做升级思路冲击高分,抓紧上车才是正解!想赶上这波网络毒理学发文时机的朋友可以直接滴滴生信塔,思路定制,生信分析可以帮你一站式搞定!    

题目:基于定量构效关系和网络毒理学模型,探讨大气颗粒物中邻苯二甲酸盐和有机磷酸盐的生殖暴露风险

发布时间:2025年1月24日

影响因子:12.2

研究背景

有机磷(OPEs)和邻苯二甲酸酯(PAEs)广泛用于塑料,存在于PM2.5中,可通过多种途径影响生殖健康。这些物质易降解转化,产物对性激素受体影响大。本研究用网络毒理学与分子对接分析OPEs和PAEs及其转化产物对生殖系统的危害。

研究思路

本研究旨在探究PM2.5中PAEs和OPEs对生殖系统的影响。通过ADMETlab计算TEF和TEQ,利用QSAR模型评估混合物毒性。借助多个数据库和软件挖掘关键靶点,并通过生信分析可视化蛋白互作网络。采用GO和KEGG分析,结合分子对接和优化工具,验证主要成分与核心靶点的相关性,最终阐明PAEs和OPEs对生殖健康的危害。    

研究结果

PM2.5中的PAEs与OPEs发生了结合与转化

PAEs与OPEs及其转化产物浓度差异显著,PAEs和OPEs平均浓度0.01~40.4μg/g,高于转化产物0.002~1.07μg/g。DiBP和DEHP浓度最高,分别为40.4 μg/g和38.0 μg/g。PAEs易从产品中释放,大量存在于PM2.5中。PM2.5中的PAEs和OPEs可生物转化和环境降解,产生多种产物。尽管转化产物浓度低,但其潜在健康风险不容忽视。

对PAEs与OPEs的混合毒性因子(TEF)评估模型的建立与验证

ADMETlab预测显示PAEs对女性生殖健康影响显著,故以ER为靶点建立混合TEF模型,包括母本、转化产物和总化合物三种。模型结果用方程表示。通过10,000次蒙特卡洛模拟评估模型不确定性,结果显示PAEs和OPEs混合物的TEFmix较低,提示亲本化合物及其转化产物在生殖毒性上可能存在拮抗作用。同时,计算了化合物的TEQ值,发现PAEs和OPEs的转化产物的TEQ值较小,可能因为空气中浓度低,每日摄入量不足    

获取潜在靶点的交互网络与核心靶点

从SwissTargetPrediction数据库获PAEs与OPEs相关基因靶点,整合鉴定出潜在靶点。导入STRING数据库和Cytoscape应用,选定核心靶点并创建PPI网络图。结果显示ER在性激素相关的重要性高于AR,表明其对生殖健康有强潜在影响。还确定了其他关键靶点。    

PAEs和OPEs与AR和ER的分子对接

为揭示PAEs和OPEs致生殖毒性的分子机制,对DEHP、TPHP和MEHP与AR、ER进行分子对接。结果表明,这些化合物与受体形成稳定结构,可能竞争受体位点,干扰调节途径,引发生殖疾病。

文章总结

借助于“网络毒理学”和“机器学习”,本文整体思路创新性高,机器学习效果显著。网络毒理学进入新阶段,发文红利期缩短,想快速发表高分文章的窗口期正在变窄。早参与早受益,无论是追求快速发表还是提前布局高阶思路,生信塔团队都能提供帮助,包括评估设计思路和定制生信分析,专业且经验丰富。  

生信塔有话说


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