单细胞数据分析炙手可热，python在单细胞分析里占据的地位也越来越重要。因为很多工具是基于python原生态开发的，而且在Python编程环境下运行速度会是R编程语言的10倍以上。 比如转录因子分析，它作为单细胞的3大高级分析，大家应该是不再陌生，我们也多 次介绍过：
也就是说，仅仅是会R编程语言有时候会部分高级分析望洋兴叹，而且大量的高分文献在公布他们的代码在github的时候我们也可以很明显的看到必须是R和Python两手抓了 ，比如2024的NC文章：《Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer》的代码就是：
所以我们准备开python单细胞系统学习的课程啦！
📅 课程时间 12月8日开始，每周日晚上8:00-10:30，钉钉线上互动直播课，共10次课，时间可能和大家商量后酌情调整。
注：还有8个周就过年啦，先排8节课，后面两节课到时候征求大家意见，看情况决定是中间插入还是春节期间上课。
🎯 课程目标 熟练使用Python。
掌握单细胞数据分析的全套流程。
具备进阶分析和自定义需求的探索自学能力。
💪 基于Python分析单细胞数据的优势多平台兼容 ：在win、mac和linux系统上均可使用
计算效率高 ：比起R语言更省计算资源，自己的电脑可以处理更大的数据，计算速度快，效率高。
可以和R语言结合使用 ：jupyter notebook里面可以嵌入R语言的脚本，如果你熟练使用R语言，分析结果可以转换为R语言可读取的格式，用R语言的ggplot2画图；也支持读取R语言的Seurat的结果进行后续分析。
gpt很会python ：gpt降低了我们的学习成本，写Python的代码正确率高。
可扩展性更强 ：很多单细胞数据分析的新工具是基于python开发的，还可以衔接Python强大的机器学习和深度学习工具，进阶分析有无限可能！
📚 课程大纲 第1课：Python环境搭建与基础
软件安装（Windows、Linux、Mac）
文件目录管理
Conda环境管理
镜像设置
包/库安装方式
Spyder安装和使用
Jupyter Lab安装和使用
第2课：Python编程基础 python语法规则
函数、方法、属性
包、库、模块
变量赋值与数据类型
列表的生成和取子集
字典的生成和取子集
第3课：Python数据处理 列表排序、统计和去重
矩阵的新建和取子集
数据框的新建、取子集和属性探索
推导式
条件语句和循环语句
第4课：数据可视化 Matplotlib绘图
单变量和多变量绘图
图片设置
拼图和图片保存
第5课：Python进阶 缺失值处理
Apply隐式循环
Groupby完成分组计算
Python综合应用
第6课：单细胞数据分析基础 背景知识介绍
不同格式的原始数据读取与格式转换
Anndata对象构建和认知
质量控制和基因、细胞过滤
降维(PCA、t-SNE和UMAP)
聚类、分群
第7课：单细胞数据注释与可视化
自动注释工具singler
自动注释工具Celltypist
基于marker基因的手动注释
Marker基因的多种可视化方法
任意分组的差异分析及其可视化
第8课：多样本整合与二次分群 多样本数据读取
用Harmony完成多样本整合
提取细胞亚群进行二次分群
第9课：富集分析和拟时序 基因集合的获取
基于基因集给细胞打分
富集分析：ORA和GSEA
拟时序分析工具PAGA
拟时序分析工具dpt和palantir
第10课：综合应用 未来展望 根据教学实况酌情纳入更多高阶分析
RNA velocity
pySCENIC转录因子分析
细胞通讯工具CellphoneDB
Python版的inferCNV
根据群众的呼声纳入大家想学的其他分析
如果不能纳入直播，会给大家提供齐全的学习资料！届时大家已经具备了自学能力，不一定需要直播讲解啦！
📷部分图表
(仅展示部分图表)
具体的图表数量再多也是有限的，我们更注重的是帮助你搞定基础、方法和规律，授人以渔~
🎓 适合人群👨🏫 教学团队 生信技能树直播课原班人马：小洁老师、大萌老师及助教，拥有丰富的教学经验和海量的资料库、智囊团！
📱 学费和报名方式学费1599元，内测期间8折（1280元），仅限2018-2024年间的生信技能树线上直播课 和线下课程 的老学员参与！ 两年以上 的老粉丝（我们后台可以看到关注时间哦），也可以参加，内测期间打9折（1440元）哦！
正式课程将于春节期间推出，面向所有人开放 ~
加微信咨询，付款完成后，即可加入微信群和钉钉群，开始做准备工作，参与直播，开启你的python和单细胞数据分析之旅！
📢 特别提示 🚀 选择生信技能树不仅仅是学到分析方法，参加培训相当于进入生信技能树小圈子，解锁更多学习资料以及学习方法
