最近小塔后台收到小伙伴们的反馈，说想多学学多组学方向的思路，小塔很有同感，目前，基于基因组、代谢组和蛋白质组的多组学联合分析，确实提供了一种新的策略，既打破了单一组学的限制，还能有助于更全面地理解分子功能和疾病的复杂性。科研从来不是埋头苦干的，我们需要站在巨人的肩膀上，才能看的更远，小塔今天在一区TOP神刊（Nature Communications）上找到了一篇机器学习联合多组学分析的思路的文章，不得感叹，原来还可以这么玩！！！快跟小塔一起往下看，一起从中找找灵感，学习学习Ta的思路，并且沾沾Ta的好运吧！小塔为大家带来的就是发表在《Nature Communications》（IF 14.7）上的“Integrated landscape of plasma metabolism and proteome of patients with posttraumatic deep vein thrombos”。1、文章从创伤后的患者中收集血浆样本，通过整合血浆代谢组学和蛋白质组学的数据，来评估创伤后深静脉血栓（pt-DVT）患者的代谢变化及其潜在功能。2、运用了单变量和多变量分析，包括火山图和正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）、多元回归分析、主成分分析（PCA）、偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）等处理数据。3、将代谢组学和蛋白质组学数据进行整合，揭示pt-DVT的代谢和蛋白质变化模式。4、利用机器学习算法开发预测模型，筛选出能够预测pt-DVT的代谢物和蛋白质标志物。小伙伴们快学起来吧！（如需要获取全文，请下拉，并按提示回复关键词即可哦） PS：机器学习结合多组学分析，不需要做大量的实验，也还不靠大样本量来堆数据，既省钱还省事，并且还能挖掘创新性，可算是各种buff叠满了！感兴趣的小伙伴，快快学起来吧！如果小伙伴在研究思路或技术实现上遇到任何难题，欢迎随时联系小塔，小塔全程为你提供专业的服务和支持~ 题目：创伤后深静脉血栓形成患者血浆代谢和蛋白质组的综合图谱
公众号后台回复“666”，即可获得原文，文献编号240915
深静脉血栓（DVT）可能导致多种并发症，如血栓后综合症、复发性DVT和可能危及生命的肺栓塞（Pulmonary Embolism, PE）。目前，创伤后深静脉血栓形成（pt-DVT）的诊断依赖于D-二聚体的实验室测量和超声成像特征。尽管D-二聚体在住院成人患者中已被验证为风险工具，但在手术或创伤后患者中的应用尚不清楚。从创伤后的患者中收集血浆样本，通过整合血浆代谢组学和蛋白质组学的数据，来评估创伤后深静脉血栓（pt-DVT）患者的代谢变化及其潜在功能。 通过LC-MS鉴定和数据筛选，确定了326种在所有样本批次中稳定可检测的代谢物，并根据京都基因与基因组百科全书（KEGG）的代谢途径被分为8个功能类别和一个未知类别。通过主成分分析（PCA），研究者评估了代谢分析的全局变异性和数据质量，其中第一和第二主成分（PC1和PC2）分别解释了数据集总方差的8.6%和4.7%。通过单变量和多变量分析，包括火山图OPLS-DA，确定了28种显著改变的代谢物，这些代谢物涉及脂质、氨基酸、碳水化合物等多个代谢途径，并利用去偏稀疏偏相关（DSPC）网络揭示了代谢物间的密集相互作用，特别是脂质和氨基酸代谢之间的联系。确定了14个显著改变的临床参数（CPs），其中5个在DVT患者中增加，其余减少，并通过Pearson相关分析发现这些CPs倾向于根据功能相似性聚类，如纤维蛋白原、血小板红细胞比容和血小板计数形成的增加簇，以及红细胞计数、红细胞比容百分比和血红蛋白浓度形成的减少簇。这些发现揭示了pt-DVT的两个典型临床特征，即血小板相关参数的增加（PLT簇）和红细胞相关参数的减少（RBC簇），其中血小板和血小板红细胞比容显示出对pt-DVT的高度特异性，表明它们可能是临床诊断的有前景的生物标志物。
对独立验证队列的100名参与者进行了代谢组学分析，并评估了包含显著改变的临床参数和代谢物的预测模型，发现模型2和模型3在预测pt-DVT方面表现出色。 进一步的模型缩减和特征选择后，包含9种代谢物的模型2在发现和验证队列中均显示出最佳的预测性能，表明血浆代谢物是早期诊断和预测pt-DVT的有力候选生物标志物。5、代谢组学和蛋白质组学分析揭示了pt-DVT的潜在治疗策略通过对pt-DVT患者和对照组的血浆样本进行蛋白质组学分析，鉴定出214种差异表达的蛋白质，并发现与糖酵解/糖异生-TCA循环相关的多个蛋白质在pt-DVT患者中显著上调，暗示这一代谢途径可能与疾病的发展有关。图5 代谢组学和蛋白质组学分析揭示了pt-DVT的潜在治疗策略综上所述，研究者们使用机器组学代谢组学和蛋白质组学分析buff叠满，表明，糖酵解/糖异生- TCA循环的上调可能通过调节红细胞中的ROS水平来促进血栓形成，总之，本研究全面描述了pt-DVT的代谢和血液学失调，并为早期检测提供了潜在的生物标志物。小伙伴们，在学习完这篇文章，有没有多组学研究套路更了解一点呢，再也不用担心发不出优质文章了！省时省力还能发高分文章，谁能不爱呢？现在，就是最好的时光，学习大佬们的思路，学会多组学套路，你不发高分文章谁发？小小期刊，随时拿下！！如果你任何问题或者实验思路困扰，随时滴滴小塔，小塔为你服务哦~ 生信塔公众号持续为大家带来最新生信思路，更多创新性分析思路请点击往期推荐，快来查看吧！想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call小塔，我们团队竭诚为您的科研助力！
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