分子动力学软件中,LAMMPS (“Large-scale Atomic/ Molecular Massively Parallel Simulator”,大尺度原子/分子并行模拟工具)是名副其实的全能巨无霸。
可以对气态、固态、液态进行分子动力学模拟,研究体系包括但不仅限于合金、矿物、半导体、溶液、高分子、DNA、细胞膜、蛋白质,可调用多种势函数/力场,支持各种系综、粗粒化,能够实现对百万级原子分子体系的计算。
经过近一年的打磨,华算科技特推出覆盖领域超全面、亮点超多的LAMMPS培训,一个课程涵盖了所有分子动力学能模拟的性质,时长超过28小时。
课程由资深技术专家王老师主讲,专为分子动力学初入门学员设计,沿着理论讲解、模型搭建、性质分析层层递进。带你学会分子动力学计算,早发顶刊!
模型搭建:
✅ 金属,合金,中熵、高熵合金,多晶金属,梯度金属等;
✅ 粗糙金属表面、孪晶界面的构建;
✅ 波浪石墨烯的构建;金属-石墨烯(碳纳米管)复合材料;
✅ 聚合物,共聚物,均聚物等;粗粒化模型(石墨烯)的构建;
✅ LAMMPS内置命令建模;ATOMSK建模软件的使用;
✅ CHARMM-GUI的使用;Packmol的使用;VMD构建多层石墨烯,碳纳米管模型;
✅ Python辅助构建模型(原子级别梯度金属)。
性质计算:
✅ 金属、聚合物、及其复合材料的拉伸、压缩模拟;
✅ 纳米压痕、冲击计算;热传导计算;
✅ 聚合物的交联反应;
✅
超算批量提交LAMMPS计算任务。
结果分析:
✅ 径向分布函数(RDF)、概率分布函数(PDF)、
✅ 扩散系数、均方位移(MSD);
✅ 位错分析、表面张力、氢键寿命;
✅ 力学性能(模量,屈服强度,toughness等);
✅ 纳米压痕分析、玻璃化转变温度(Tg);
✅ 高分子拉伸过程
链取向分析(结晶相关);
✅ MDAnalysis后处理分析模拟轨迹。
王老师:华算科技资深技术专家,六年以上LAMMPS软件重度使用经验。发表SCI共10篇,并参与编写英文书籍《Fundamentals of Multiscale Modeling of Structural Materials》。
主要研究领域为:利用分子动力学模拟方法,①研究金属(梯度和中、高熵合金)及其纳米复合材料的力学性能;②开发高分子和石墨烯的粗粒化模型,并研究高分子及其纳米复合材料的结构、动力学和力学性能。
2. 材料的多尺度模拟概述(DFT,AA,CG等)7. LAMMPS分子动力学模拟流程;(建模-能量最小化-退火-弛豫-输出-分析)8. 分子动力学系综的选取(NVE,NVT,NPT)4. 如何调用LAMMPS,如何运行LAMMPS?7. Lennard-Jones(LJ)势函数可视化介绍
2. 键合、水珠、扩散(质量、压力和温度对体系的影响)2. 用LAMMPS做模拟的前期准备(金属、聚合物)2. units,boundary,atom_style等lammps命令的书写5. 利用LAMMPS自带命令书写金属模型文件(规则结构)9. 频繁使用write_data,可视化、检查模型
1. 注意fix和unfix的搭配使用;(dump和undump)3. 书写UA聚乙烯data模型的不同方法(data文件格式)7. UA聚乙烯模型拉伸的LAMMPS in文件书写8. 赋予初速度、能量最小化、退火、弛豫、拉伸和输出9. 利用LAMMPS的chain.exe工具构建简单聚合物(只有bond)5. 随机游走聚合物模型的弛豫方法(in文件的书写)7. 关闭soft势函数,打开真实LJ势函数进行模拟10. UA聚乙烯拉伸过程中,体系信息的输出(应力应变)12. LAMMPS做UA聚乙烯拉伸模拟的回顾与总结2. LAMMPS in文件书写石墨烯的拉伸模拟文件5. LAMMPS in文件和data文件的格式、书写;1. 如何连接超算—WinSCP,Xshell的下载和使用8. 超算上LAMMPS作业的提交(调用模块+运算)文本高亮和OVITO可视化软件(Notepad++)
1. LAMMPS in文件关键词高亮设置(NotePad++)16Materials Studio和VMD讲解
2. TKconsole命令的使用(命令读取LAMMPS data文件)4. Materials Studio构建聚合物模型、可视化显示1. Python的下载和安装(Anaconda)2. MDAnalysis操纵分子模型,获取模型信息(质量,坐标,类型等)3. MDAnalysis操纵模拟轨迹,获取与时间相关的参量4. MDAnalysis提取轨迹中UA聚乙烯的键长、键角的分布5. MDAnalysis针对Cu-Ni原子级过渡金属模型,获取成分分布
1. LAMMPS内置命令构建不同几何形状的模型(锥形,柱形,球形)2. LAMMPS内置命令建模+Python辅助构建复杂合金模型4. LAMMPS构建粗糙表面,波浪表面data模型3. Materials Stuido聚合物库构建标准聚合物模型4. MS对聚合物进行能量最小化,退火,动力学模型讲解7. 利用msi2lmp将MS里的模型转为LAMMPS可以识别的data文件8. 如何书写LAMMPS in文件,运行MS转换得到的data模型文件? CHARMM-GUI、VMD、Packmol软件建模讲解
1. Charmm-GUI构建聚合物模型,嵌段聚合物等2. LAMMPS in文件书写,运行Charmm-GUI得到的data模型3. VMD构建单壁、多壁碳纳米管;单层、多层石墨烯片4. Atomsk对模型进行扩胞,切割,组合运算等5. Atomsk对挖孔金属和CNT进行组合,构建复合材料
3. Python+MDAnalysis编程计算链取向2. 径向分布函数(RDF)的计算(LAMMPS、OVITO)
1. Cu-Ni径向、轴向原子级梯度过渡的合金模型的力学性能主办单位:深圳华算科技有限公司(拥有VASP、Materials Studio、Gaussian商业版权)
培训形式:线上课程,28小时录播,无限次回看,课程群永不解散,随时提问,及时解答。课程费用:2980元。名额有限,欲报从速!提供增值税普通发票及邀请函。报名方式:识别下方二维码报名,或者联系手机13005427160 。👇👇扫描二维码,立即报名👇👇
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