如大家所见,因为历史遗留原因(我是从perl开始学编程),所以从来没有涉足过Python,在咱们生信技能树公众号也很难有Python相关笔记,唯一的还是提问:如何批量安装几千个Python模块呢。
生物信息学领域的99%的场景下Python和R是重复的编程语言,而我R使用的太顺手,不太可能再耗费精力去熟练Python。但是绝大部分小伙伴其实是初学者,就有必要在自己的第一个编程语言选择下功夫了。R肯定是躲不过去,它优秀的统计可视化简直是为生信而生,尤其是bioconductor社区。但是Python也确实有一些不可替代的优势,比如处理单细胞层面的大数据,以及机器学习社区氛围。正是因为如此,经常在咱们公众号后台看到大家关于Python学习班的提问。
既然我确实不擅长,就邀请专业的小伙伴来给大家授课吧!
我们最近几年在生信技能树的帮助下,陆续做了基因组denovo及肿瘤基因组方面的培训,这些培训主要是针对有编程基础的学员开设的,整体评价还不错。不过我们也意识到很多同学是很想学习这些课程,但是编程基础较差或者零基础,所以我们设计了一套完成针对生物信息学的编程(Python)入门课程。
Python是大数据时代的首选语言之一,作为一种解释型、面向对象、动态数据类型的高级程序设计语言,它易于上手,语言精炼。只要你付出一点时间和精力,就可以使用它完成生物信息工作中常见的文本处理与算法实现。得益于大数据时代下python的生态越来越好,它也成为了数据挖掘的神兵利器。随着NGS、质谱等技术平台的发展,生物信息的数据挖掘技术也变得更为重要。
基于此,我们设计了面向生物信息的Python课程,它面向Python的零基础学员,我们将从头带领大家掌握Python基础并结合实例掌握使用python处理生物信息常见的文件、表格的能力。同时,我们也加入了Python的数据挖掘、绘图与机器学习基础,结合真正的生物信息实例,使得大家掌握涵盖发表生信论文相关的主要核心技能。
时间 | 课时 | 主题 | 内容 |
第一周 |
1 | Python 简介与生物信息、数据挖掘 | Python的简介以及它在生物信息中的应用场景,同时也会展开对于生物信息工作者的Python学习路径 |
3 | Python 语言基础 | Python的输入输出,数据类型以及基础变量、运算符的介绍,使用Python能完成基本的计算与字符操作 |
第二周 | 2 | Python 流程控制 | Python选择语句、循环语句的介绍,使用Python能够进行循环与判断的处理 |
2 | Python IO处理 | Python的IO基础,使用Python可以读取或者写入文件,能达成利用Python处理常见的文本文件,解决生物信息中文件格式转换的需求 |
第三周 | 4 | Python 模块、包与类 | Python包和类的基础,掌握Python的包的安装、使用,了解常见的包,并对于面向对象的编程技术有所入门 |
第四周 |
4 | Python 生信文件处理实战 | 使用Python处理常见的生物信息文件,结合几个实例来完成前述知识的巩固以及实战的练习 |
第五周 | 4 | Python numpy与pandas入门 | Python的numpy 、Pandas简介,并能掌握初阶数据处理技巧 |
第六周 | 4 | Python 绘图基础与生信图表实例 | Python的seaborn简介,并使用python绘制生信论文中常见的图表 |
第七、八周 | 6 | Python 数据挖掘与机器学习基础 | Python中数据挖掘的基础与机器学习的基础概念与练习 |
课程准备了至少30个生物信息相关的实例,在指导学员练习的同时,进一步帮忙大家通过实际的项目来掌握Python,毕竟编程不是一门理论课程,只有充分的练习才能学习和掌握。每周我们安排四节直播课程,每个课时45min,整个课程持续2个月,中间留有充分的练习和交流时间。
对于报名的学员,我们也将赠送市面上较为少见的面向生物信息的深度学习的录播课程。深度学习作为机器学习中一个重要的分支,在图像识别、序列功能预测、分子结构和结合预测方面表现出巨大的潜力,我们将提供不低6学时的内容和不少于3个生物信息实例,仅为我们的学员提供配套的学习资源。
时间:预计2022.12.24~2023.2.4
报名费用:2499元
上课时间:每周六日晚上7~9点
上课方式:钉钉群直播互动
Python的重要性
慕尼黑计算生物学研究所 Fabian J. Theis团队的Luke Zappia创建scRNA-tools( https://www.scrna-tools.org/ )数据库,自2016年以来搜集整理了大部分scRNA-seq数据的分析软件工具,可以看到Python仅仅是略逊于R
报名方式
因为本课程是编程入门,所以就是零基础的哈,课程绝对会让你物超所值!还等什么呢,赶快扫描下面二维码添加微信报名吧!
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